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林怡,周江.番木瓜Dof基因家族的全基因组鉴定及其在不同光处理下的表达分析[J].中国南方果树,2024,53(6):

番木瓜Dof基因家族的全基因组鉴定及其在不同光处理下的表达分析

投稿时间：2023-10-15 修订日期：2023-11-20

DOI：

中文关键词: 番木瓜基因家族基因结构光响应元件

英文关键词:

基金项目:1.湖北省教育厅科学技术研究计划指导型项目(编号：B2021049)；2.农业农村部热带亚热带水产资源利用与养殖重点实验室（编号：20220203）

作者	单位	E-mail
林怡	( 广东生态工程职业学院	hyger12@126.com
周江^*	长江大学	qwerg1231015@126.com

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中文摘要:

Dof (DNA binding with one finger)基因家族在植物的生长发育和响应逆境胁迫过程中发挥着重要作用。为了解番木瓜中Dof基因家族成员信息,本研究通过生物信息学手段对番木瓜全基因组中Dof基因家族进行了鉴定,分析了其理化性质、基因结构、保守基序、系统发育、顺式作用元件以及在乙烯处理下的转录谱,并利用实时荧光定量PCR技术(RT-qPCR)分析了Dof基因在番木瓜幼苗中响应红蓝光的表达模式。结果显示,番木瓜基因组中共鉴定出20个CpDofs,它们分布在18条染色体上,氨基酸数目在230~499、蛋白理论分子量介于23.88~53.56 kD,且均位于细胞核中。系统进化分析显示20个CpDofs蛋白被分为了三个亚家族,包括ClassⅠ(2个),ClassⅡ(6个),ClassⅡ(12个)。MEME分析发现所有CpDofs蛋白都含有Motif 1,推测Motif 1是CpDofs家族成员的重要组成部分。此外,顺式作用元件分析发现CpDofs的启动子区域存在大量光响应元件,而qRT-PCR分析显示红光和蓝光能够诱导CpDofs基因的表达。以上结果对研究CpDofs的功能及响应红光和蓝光的调控机制奠定了基础。

英文摘要:

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